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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
28/01/2011 |
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Data da última atualização: |
13/04/2011 |
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Tipo da produção científica: |
Software |
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Autoria: |
HIGA, R. H.; YASUDA, R. S. |
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Afiliação: |
ROBERTO HIROSHI HIGA, CNPTIA; RODRIGO SHIZUO YASUDA, Engenharia da Computação/UNICAMP, Estagiário/CNPTIA. |
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Título: |
GenesDE. Versão 1.0. |
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Ano de publicação: |
2010 |
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Fonte/Imprenta: |
Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2010. |
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Descrição Física: |
1 CD-ROM. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Os programas contidos nesse pacote permitem disponibilizar o resultado da análise de expressão diferencial, ou seja, a lista de genes diferencialmente expressos, por microarranjos por meio de uma tabela em uma página html. A tabela é implementada como um applet, de forma que o usuário pode interagir com a mesma para analisar a lista de genes diferencialmente expressos. Esta solução foi desenvolvida no escopo do projeto Rede Genômica Animal, mas pode ser utilizada por quaisquer projeto que deseje disponibilizar resultados de experimentos de análise de genes diferencialmente expressos via Internet. Especificamente, o pacote permite ao usuário: (i) ordenar os genes de acordo com os valores de qualquer das colunas que compõem a tabela; (ii) utilizar double click em um gene específico para verificar as informações sobre ele no site GeneCards (http://www.genecards.org). O programa considera tabelas compostas por 2 ou 4 colunas e as linhas rotuladas de acordo com o identificador do probe no array, sendo que colunas "gene symbol" e "gene name" são obrigatórias. No caso de arquivos csv com 4 colunas, as linhas da tabela são apresentadas utilizando um degradê de cores, de acordo como os valores de fold change e significância. Já no caso de de arquivos csv com duas colunas, as linhas da tabela são apresentadas em dois tons de cinza alternados para faciliar a visualização. A página gerada ainda permite que especificar um arquivo zipado para que o usuário possa fazer o download de informações adicionais, como por exemplo relatórios de análise detalhados. MenosOs programas contidos nesse pacote permitem disponibilizar o resultado da análise de expressão diferencial, ou seja, a lista de genes diferencialmente expressos, por microarranjos por meio de uma tabela em uma página html. A tabela é implementada como um applet, de forma que o usuário pode interagir com a mesma para analisar a lista de genes diferencialmente expressos. Esta solução foi desenvolvida no escopo do projeto Rede Genômica Animal, mas pode ser utilizada por quaisquer projeto que deseje disponibilizar resultados de experimentos de análise de genes diferencialmente expressos via Internet. Especificamente, o pacote permite ao usuário: (i) ordenar os genes de acordo com os valores de qualquer das colunas que compõem a tabela; (ii) utilizar double click em um gene específico para verificar as informações sobre ele no site GeneCards (http://www.genecards.org). O programa considera tabelas compostas por 2 ou 4 colunas e as linhas rotuladas de acordo com o identificador do probe no array, sendo que colunas "gene symbol" e "gene name" são obrigatórias. No caso de arquivos csv com 4 colunas, as linhas da tabela são apresentadas utilizando um degradê de cores, de acordo como os valores de fold change e significância. Já no caso de de arquivos csv com duas colunas, as linhas da tabela são apresentadas em dois tons de cinza alternados para faciliar a visualização. A página gerada ainda permite que especificar um arquivo zipado para que o usuário possa fazer o download de inf... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Análise de expressão diferencial; Genes diferencialmente expressos; Genes expressos por microarranjos; Projeto Rede Genômica Animal; Software. |
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Thesaurus Nal: |
Microarray technology. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Biblioteca |
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Origem |
Tipo/Formato |
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Registro |
Volume |
Status |
URL |
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| Registros recuperados : 208 | |
| 20. |  | GIACHETTO, P. F.; HIGA, R. H. Bioinformática aplicada à agricultura. In: MASSRUHÁ, S. M. F. S.; LEITE, M. A. de A.; LUCHIARI JUNIOR, A.; ROMANI, L. A. S. (Ed.). Tecnologias da informação e comunicação e suas relações com a agricultura. Brasília, DF: Embrapa, 2014. Cap. 4. p. 67-83.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| Registros recuperados : 208 | |
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| Nenhum registro encontrado para a expressão de busca informada. |
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